Evidências arqueológicas comprovam a existência de várias culturas humanas no Peru desde 11,000 a.C. Instrumentos feitos de rocha e mesmo ruínas de templos cerimoniais podem ser encontrados pelo território peruano datando daquela época, e há sinais de que técnicas de tecelagem, pesca e horticultura se desenvolveram pelos 9 mil anos subsequentes.
A primeira cultura com expressão foi a cultura Chavín, que surgiu por volta do ano 900 a.C. Apesar dos Chavín terem aparentemente construído o primeiro grande templo da região, não há sinais de que durante aquela época se tenha desenvolvido qualquer classe-média significante.
A cultura Paracas surgiu na costa sul nos meados do ano 300 a.C., e é conhecida pelo uso da fibra de vicuña (uma espécie próxima a lama) na tecelagem, ao invés do tradicional algodão, produzindo primorosos tecidos; inovações que só chegaram ao norte do Peru séculos depois. Culturas tais como os Moche e os Nazca floresceram dentre 700 a.C. e 100 a.C.: A cultura Moche produziu notáveis instrumentos de metal e os mais excecionais trabalhos em cerâmica da antiguidade, enquanto a cultura Nazca é conhecida pelo seu trabalho com têxteis e as enigmáticas Linhas de Nazca.
Tais culturas começaram a declinar como resultado das intempéries que frequentemente atingiam a região, causando enchentes durante certos períodos e secas noutros. Logo, as culturas que habitavam o interior do território, como os Huari e os Tiwanaku, tornaram-se as culturas predominantes de uma vasta região, que abrange muito do que hoje são o Peru e a Bolívia. Foram então sucedidos por poderosas cidades-estados, como Chancay, Sipan e Cajamarca, e por dois impérios: Chimor e Chachapoyas. Todos estes povos foram posteriormente conquistados pelos Incas, que dominaram toda a região até a chegada dos conquistadores espanhóis.
Entre 1526-1528 o conquistador espanhol Francisco Pizarro explorou a região costeira do Peru, atraído pela riqueza do império Inca, voltou a Espanha para angariar dinheiro e recrutar homens para mais uma expedição ao Peru. Voltou, marchando até Cajamarca, no norte do Peru, resgatando e executando o Imperador Inca Atahualpa, em 1533. Pizarro, subsequentemente fundou a cidade de Lima em 1535 mas foi assassinado seis anos mais tarde. O rebelião do último líder Inca, Manco Inca, que terminou ingloriamente, com a sua decapitação, em 1572.
Os 200 anos seguintes foram pacíficos, com Lima a tornar-se o maior centro das Nações Andinas, política, comercial e socialmente.
A independência peruana foi o resultado de um lento processo de desentendimento entre a elite local (chamada elite crioula) e o Império espanhol. José de San Martín, da Argentina, proclamou a independência peruana da Espanha em 28 de Julho de 1821, com as seguintes palavras: "...Deste momento em diante, o Peru é livre e independente, para o regozijo das vilas e pela justiça de Deus. Vida longa à pátria! Vida longa à liberdade! Vida longa à nossa independência!".
A emancipação peruana — que, como na maioria dos países, só fez mudar o domínio dos nativos da esfera real para o controle da elite local — foi finalizada em Dezembro de 1824, quando o general António José de Sucre derrotou as tropas espanholas na batalha de Ayacucho. A Espanha ainda tentou reaver as suas colónias, como fizeram na batalha de Callao, mas em 1879 acabou por reconhecer a independência peruana.
Pós – Independência
O Peru e alguns dos seus vizinhos envolveram-se em intermitentes disputas territoriais. O maior dos desentendimentos deu-se com o Chile, resultando na guerra do Pacífico (1879-1883). Aliado à Bolívia, e com as forças armadas em patente desvantagem em relação às forças chilenas, o Peru acabou derrotado, perdendo a província de Arica, ao sul do país. A perda do território e a ocupação do país pelos chilenos durante parte do conflito deixaram marcas na sociedade peruana que permanecem até hoje.
Em 1941, devido a desavenças na formalização da fronteira com o Equador, houve a Guerra Equador-peruana, aplacada pelo Protocolo do Rio. Os dois países voltaram a travar luta numa breve guerra em 1981, e de novo se enfrentaram na Guerra do Cenepa, em 1995. Em 1998 os governos de ambos países assinaram um histórico tratado de paz que demarcou claramente os seus limites. No fim de 1999, os governos do Peru e Chile implementaram o último artigo litigioso do tratado de 1929 que haviam assinado.
