A região foi habitada originalmente por pigmeus e posteriormente pelos hutus, povo oriundo da bacia do rio Congo.
Sensivelmente no século XV, os tutsis, pastores de grande estatura oriundos da Etiópia, chegam ao local e impõem domínio feudal aos hutus. Os europeus chegaram no século XIX e em 1899, a Alemanha declara o seu protetorado sobre o território.
Com a derrota alemã na I Guerra Mundial, os belgas ocupam Rwanda e num primeiro momento transformam os tutsis na elite, dotando-os de poder político, económico e militar. Na década de 50, por outro lado, favorecem a formação de uma elite hutu, fomentando dessa forma a rivalidade entre os povos locais com o sentido de dominá-los. Em 1962, a nação obtém a independência sob a liderança dos hutus, obrigando os tutsis ao exílio nos países vizinhos.
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Guerra civil
Os tutsis exilados formam a Frente Patriótica Ruandesa (FPR) e em 1990 invadem o norte do Rwanda, exigindo uma participação no governo e o direito de retornar ao país. Para aliviar as tensões, o presidente hutu Juvénal Habyarimana (no poder desde Junho de 1973), aprova o pluripartidarismo em Junho de 1991 e abre negociações com a guerrilha.
Em Fevereiro de 1993 ocorre nova ofensiva tutsi, pondo o acordo anteriormente por terra. O governo, por sua vez massacra civis tutsis e em represália, a FPR arrasa aldeias hutus e chega a menos de 30 km de Kigali, a capital. Em Agosto do mesmo ano, o presidente e a guerrilha assinam os Acordos de Arusha, pelos quais é formado um governo de transição com a FPR e outros partidos de oposição, com o apoio da ONU.
Genocídio tutsi
Em Abril de 1994, Habyarimana e o presidente do Burundi, Cyprien Ntaryamira (também hutu), morrem num acidente aéreo. Este episódio desencadeia uma guerra civil que durou até Julho do mesmo ano e na qual os hutus massacraram a população tutsi, deixando 1 milhão de mortos e 2,3 milhões de refugiados.
Em Julho, a FPR (tutsi) toma Kigali e põe Pasteur Bizimungu na Presidência. Em Março do ano seguinte 2 mil hutus foram expulsos dum campo de refugiados sendo assassinados pelos seu rivais tutsis.
Refugiados
Em Agosto de 1996, o Rwanda e o Zaire acertam o retorno de refugiados hutus - sem participação da ONU, que não aceita a repatriação forçada. Em Outubro, os baniamulenges -grupo étnico tutsi que vivia no leste do Zaire - rebelaram-se contra a presença dos hutus na região, sendo apoiados pelo governo rwandês (tutsi) e consequentemente atacam acampamentos de hutus que abrigam civis e militares do antigo governo envolvidos no genocídio.
Em Novembro, cerca de 500 mil refugiados são expulsos do Zaire para o Rwanda e outras 300 mil pessoas retornam nos seguintes meses. Em Maio de 1997, o novo governo da República Democrática do Congo dá prazo de 60 dias para que se complete a repatriação dos mais de 200 mil rwandeses ainda no país, sendo que durante a retirada (organizada pelo Alto Comissariado das Nações Unidas para Refugiados), mais de cem pessoas morrem sufocadas num comboio superlotado e sensivelmente dois grupos de refugiados são massacrados, totalizando mais de 200 mortos.
Segundo denúncia da Amnistia Internacional, em Agosto de 1997, mais de 2,3 mil ex-refugiados hutus foram assassinados nos três meses anteriores pelo exército rwandês, de maioria tutsi.
Condenações por genocídio
No início de 1998, as milícias hutus fazem vários ataques a aldeias tutsis no oeste e centro do país, massacrando cerca de 90 pessoas em Jenda e Ngugo (noroeste). A escalada de violência chega ao cume em Março, quando 2 mil hutus invadem uma penitenciária em Gitarama (centro do país), matando várias pessoas e soltando cerca de 80 prisioneiros. No mesmo mês, a justiça do Rwanda inicia o julgamento de hutus acusados de participar do genocídio contra tutsis em 1994. Em Abril, 22 condenados são executados em Kigali, diante de uma audiência de 30 mil pessoas, gerando críticas de organismos de defesa dos direitos humanos.
O tribunal internacional instituído pela ONU em 1996, com o intuito de julgar os envolvidos no genocídio, emite a sua primeira sentença no dia 2 de Setembro de 1998:
condena o ex-presidente municipal de Taba, o hutu Jean-Paul Akayesu, por crimes contra a humanidade, sequestro, roubo e violência sexual. Dois dias depois, o ex-primeiro-ministro rwandês Jean Kambanda, também hutu, acusado de genocídio, é condenado pelo mesmo tribunal à prisão perpétua.