Ela foi construída em honra ao Vasco da Gama depois que ele descobriu o caminho marítimo através do Cabo da Boa Esperança para a Índia, em 1498. A profusão requintada de mosaicos de teto e ornamentação dourada na igreja, e as suas capelas laterais ornamentadas, foram pagos pelo lucros do comércio marítimo aberto pela exploração de Vasco da Gama.
O mais belo de todos é a Capela de São João Baptista do século 18, que é ornamentada com mosaicos de marfim, ouro e prata, e ostenta a reputação de capela mais cara do mundo - extraordinariamente projetada em Roma pelos arquitetos Nicola Salvi e Luigi Vanvitelli, e embarcada para Lisboa em partes.
